Dans pas mal de jeux ou de films de SF, c’est toujours le même scénario : les différentes forces en présence commencent par se mettre sur la tronche. Puis un nouvel ennemi surpuissant arrive et les vieux ennemis s’allient contre l’envahisseur. Supreme Commander n’échappe pas à la règle. Les Seraphims débarquent dans l’extension Forged Alliance et ils ne sont pas très contents. Forcément les humains avaient exterminé la majorité de leurs semblables. Ils attaquent la Terre et mettent en déroute les trois factions (UEF, Cybrans, Aeons). Une partie des Aeons les rejoint ainsi que QAI, la super-IA créée par le chef des Cybrans (Dr Brackman). L’autre partie des Aeons, les Cybrans qui sont restés fidèles à Brackman et l’UEF fondent une Alliance…